El acelerado deterioro del medio ambiente en el mundo ha impulsado el interés de establecer metas claras en las instituciones que tienen actividades relacionadas con la naturaleza; es por eso que actualmente uno de los principales objetivos de los zoológicos es la educación.

El Zoológico Santacruz, dentro de su nueva estructura, ha creado El Departamento de Educación. Este Departamento desarrolla actividades y programas para planteles escolares, que ayudan a crear conciencia y sensibilizar las nuevas generaciones para que en un futuro próximo logremos generar cambios de actitud y acceder al buen uso de los recursos naturales, por definición no renovables.

Mundialmente Colombia es reconocida como uno de los países más ricos en flora y fauna, riquezas que muchas veces desconocemos. Es por esto que el Zoológico se ha dedicado a conservar un inventario importante de especies nativas, dando la oportunidad al visitante de tener contacto directo con animales de diferentes regiones del país y del mundo, muchos de los cuales actualmente se encuentran en vía de extinción acrecentando su importancia en el ámbito educativo. Además, brinda la oportunidad de conocer variedad de plantas que conforman uno de los ecosistemas más importantes, El Bosque Andino de Niebla, el cual se encuentra rodeando las instalaciones del Zoológico, creando un ambiente natural.

El Departamento de Educación ha creado cinco Talleres, distribuidos por edades y cursos, teniendo en cuenta los temas y materias que los estudiantes desarrollan en cada grado. Conociendo la importancia de integrar a los profesores dentro de las actividades que se desarrollan en el Zoológico, se ha creado un Taller especial para docentes que se realiza previa visita del Zoológico que brinda información básica, la cual permitirá desarrollar actividades que refuercen los conocimientos adquiridos por el estudiante.